Journal of Gorgan University of Medical Sciences
مجله علمي دانشگاه علوم پزشكي گرگان
J Gorgan Univ Med Sci
Medical Sciences
http://goums.ac.ir/journal
59
journal58
1562-4765
2008-4080
10.61882/goums
fa
jalali
1397
9
1
gregorian
2018
12
1
20
4
online
1
fulltext
fa
شناسایی مولکولی سودوموناس استوتزری به روش duplex-PCR
Molecular detection of Pseudomonas stutzeri by duplex-PCR technique
میکروب شناسی
Microbiology
تحقيقي
Original Articles
<h1 dir="RTL" style="margin-top:1.0pt;margin-right:14.15pt;margin-bottom:1.0pt;margin-left:14.2pt;text-align:justify;text-justify:kashida;text-kashida:0%;text-indent:11.35pt;line-height:16.0pt;page-break-after:auto;"><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">زمینه و هدف: روش </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">duplex-PCR</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> یک روش زیست شناسی با کاربرد گسترده است که قابلیت شناسایی اختصاصی و با حساسیت بالای میکروارگانیسم‌ها را داراست. این مطالعه به منظور شناسایی مولکولی سودوموناس استوتزری </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">(Pseudomonas stutzeri)</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> به روش </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">duplex-PCR</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> انجام شد.</span></span></span></span></h1>
<h1 dir="RTL" style="margin-top:1.0pt;margin-right:14.15pt;margin-bottom:1.0pt;margin-left:14.2pt;text-align:justify;text-justify:kashida;text-kashida:0%;text-indent:11.35pt;line-height:16.0pt;page-break-after:auto;"><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">روش بررسی: در این مطالعه توصیفی آزمایشگاهی باکتری </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Pseudomonas stutzeri ATCC 17588</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> از مرکز ذخایر ژنتیک تهیه و پس از کشت، </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> در فاز لگاریتمی رشد به روش جوشاندن استخراج گردید. سپس با استفاده از روش </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">duplex-PCR</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> مبادرت به شناسایی اختصاصی این باکتری گردید. پرایمرهای موردنظر با استفاده از ژن‌های </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">catA</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">nirP</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> طراحی شد. بررسی حساسیت و اختصاصیت واکنش </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">duplex-PCR</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> با استفاده از 5 باکتری انجام شد.</span></span></span></span></h1>
<h1 dir="RTL" style="margin-top:1.0pt;margin-right:14.15pt;margin-bottom:1.0pt;margin-left:14.2pt;text-align:justify;text-justify:kashida;text-kashida:0%;text-indent:11.35pt;line-height:16.0pt;page-break-after:auto;"><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">یافته‌ها: نتایج حاصل، تکثیر دو باند </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">bp 512</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">bp 249</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> را به ترتیب برای ژن </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">catA</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">nirP</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> نشان داد. نتایج بررسی اختصاصیت 100درصد تعیین شد و حساسیت </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">0.048 </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">ng/</span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:symbol;"><span style="font-size:10.0pt;">m</span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">L</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> از </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> ژنومی را برای هر دو ژن </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">catA</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">nirP</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> نشان داد.</span></span></span></span></h1>
<h1 dir="RTL" style="margin-top:1.0pt;margin-right:14.15pt;margin-bottom:1.0pt;margin-left:14.2pt;text-align:justify;text-justify:kashida;text-kashida:0%;text-indent:11.35pt;line-height:16.0pt;page-break-after:auto;"><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">نتیجه‌گیری: روش مولکولی </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;">duplex-PCR</span></span></span></span><span style="font-weight:normal;"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:tahoma,sans-serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> باتوجه به داشتن حساسیت و ویژگی مناسب و قابلیت شناسایی بالای باکتری سودوموناس استوتزری می‌تواند به عنوان یک روش روتین در آزمایشگاه‌های مجهز توسط افراد متخصص برای شناسایی موارد مشکوک مورد استفاده قرارگیرد.</span></span></span></span></h1>
<strong>Background and Objective: </strong>Duplex PCR is a widespread molecular biology technique that has the ability in specific and high sensitivity detection of microorganisms. This study was performed to evaluate the molecular identification of <em>Pseudomonas stutzeri</em> using duplex PCR.<br>
<strong>Methods: </strong>In this descriptive-laboratory study, <em>Pseudomonas stutzeri</em> ATCC 17588 bacteria was purchased from genetic resources center and after culturing the bacteria, DNA was extracted in the exponential growth phase using boiling method. Duplex PCR was carried out for specific identification of the bacteria subsequently. The primers were designed using <em>catA</em> and <em>nirP</em> gene sequences. Sensitivity and specificity of duplex PCR technique were investigated using 5 bacteria.<br>
<strong>Results: </strong>The amplification of two bands of 512 bp and 249 bp for <em>catA</em> and <em>nirP</em> genes were observed, respectively. The specificity was 100% .The sensitivity of 0.048 ng/µL of genomic DNA was determined for <em>catA</em> and <em>nirP</em> genes, respectively.<br>
<strong>Conclusion: </strong>Duplex-PCR molecular method with its sensitivity and proper feature and high potential for identification of <em>Pseudomonas</em> bacteria can be applied as a routine method in well-equipped laboratories by expert technician to identify suspicious cases.
سودوموناس استوتزری , duplex-PCR , ژن catA , ژن nirP
Pseudomonas stutzeri, Duplex-PCR, catA gene, nirP gene
115
122
http://goums.ac.ir/journal/browse.php?a_code=A-10-1-1083&slc_lang=fa&sid=1
Roya
Beytsayyah (Alavi Sharif)
رویا
بیت سیاح (علوی شریف)